1997–1998 рр. – лікар-анестезіолог Зарічненської центральної районної лікарні.
1998–1999 рр. – завідувач відділення анестезіології і реанімації Зарічненської ЦРЛ.
1999–2002 рр. – начмед Зарічненської ЦРЛ.
У 2002–2005 рр. Віталій Бойко працював головним лікарем Рівненського обласного центру екстреної медичної допомоги та медицини катастроф.
У 2005–2006 рр. — головним лікарем Рівненської обласної дитячої лікарні.
З жовтня 2006 року — заступник начальника Рівненського обласного управління охорони здоров’я.
З липня 2007 року — головний лікар обласної дитячої лікарні.
З червня 2010 року до 2014 року — начальник Рівненського обласного управління охорони здоров’я.
1 листопада 2024 року Віталія Бойка розпорядженням Рівненської обласної ради призначено директором Рівненського обласного протипухлинного центру.